Samenpflanzen lassen sich in zwei Hauptgruppen unterteilen: Bedecktsamer (Pflanzen mit Blüten) und Nacktsamer (Bäume und Nadelhölzer). Bei Bedecktsamern befindet sich die Eizelle in den Fruchtblättern der Blüten. Nach der Bestäubung durch ein Pollenkorn bildet sich aus der Eizelle im Inneren der Frucht ein Samen. Bei Nacktsamern liegt die Eizelle frei und wird von zu Zapfen vereinigten Schuppen geschützt. Nach direkter Bestäubung durch in den männlichen Zapfen befindliche Pollenkörner bildet sich aus ihr ein Samen.

Unabhängig von seiner Entstehung trägt der Samen den Embryo der zukünftigen Pflanze und die für ihre Entwicklung notwendigen Nährstoffe, die von einer mehr oder weniger stabilen Hülle, dem sogenannten Integument, geschützt werden.